Sin embargo, ya hemos mencionado las "calabazas" o "chacombos" an empleados simultáneamente a los orígenes del cajón. En efecto, los pocos cronistas que han escrito acerca de la música peruana en tiempos de La fiesta de Amancaes, hablan de tambores, vihuelas y guitarras, e inclusive de "calabazas", pero aún no mencionaban al cajón. En esas épocas, existen variedades de ingeniosos instrumentos con los cuales el músico se acompañaba, hay "tamboretes" que utilizaban un pedazo cuadrado de madera cepillada, sobre cuatro soportes, y también los llamados tambores. 

Estos eran hechos de troncos de árboles huecos y cortados de diferentes alturas, que se pulían y cubrían en uno y otro extremo, con piel de animales. Pancho Fierro en sus grabados costumbristas acerca de la zamacueca, y el lundero o lando, no representa ningún instrumento de percusión en esas épocas, por lo cual se presume que el uso del cajón se generaliza años mas tarde.

Al igual que la percusión, los ritmos peruanos de marcada influencia española van transformándose adoptando más elementos criollos y negros, y van tomando diferentes nombres, el Lando, o Lundero, el panalivio, el aguenieves, el payandé y el festejo, para luego dar origen a la zamacueca, que queda oficializada como baile nacional con el nombre de Marinera, en honor a la flota naval Peruana. Estos ritmos cobraron forma con la inclusión del cajón. Es así que el cajón se convierte, casi exclusiva y auténticamente en el instrumento peruano de percusión, por excelencia. El cajón peruano ahora es incluido en el estudio de los principales ritmos: Festejo, Lando, Zamacueca, Vals, Marinera y Panalivio. 

El percusionista se sienta sobre el instrumento y lo toca en su cara frontal con las manos, o dedos, según el tipo de sonido que quiere lograr. El cajón es quien lleva la base rítmica en un conjunto musical, y es usual en la música negra, que el tema se vea interrumpido para darle espacio al cajonero para que haga un "solo de cajón".

Cuando hay más de un cajón, uno de ellos llevará la base rítmica, mientras que el otro adornara con matices sonoros, lo cual se denomina "florear". También se puede encontrar formas de contrapunto entre dos cajones, entrando en un diálogo de percusión, mientras alternan las funciones de ritmo base y repicador, o "hembra y macho". (INC 1978)

El cajón nace de o para la música negra Peruana, pero a principios de la década del 50 se incorpora a la marinera, tondero, el golpeáureo, y se incorpora incipientemente al vals en la década de los 60. Fué el popular "Gancho Arciniega", uno de los tañedores y primeros exponentes del cajón, quien lo incorpora al Vals, enriqueciendo esta forma musical, y transformando su carácter hacia un tono más festivo y sincopado. 

Pero es en la década de los 70 en que el cajón se difunde ampliamente entre grupos de folklore negro y gracias a la destacada participación de agrupaciones como el Conjunto Nacional de Folklore, dirigido por Victoria Santa Cruz, y la conocida agrupación "Perú Negro", dirigido por Ronaldo Campos. 

Más tarde, el cajón brilla como instrumento predilecto y necesario en practicamente toda manifestacion ¨criolla¨, y alcanza su apogeo en las épocas de Arturo Zambo Cavero. 

A partir de esta época, todo conjunto musical criollo exhibe el trío inseparable de Guitarra, Voz, y cajón. (Quizás de ahí se origine la popular frase "de cajón", expresión muy criolla que se emplea por decir que algo es clarísimo o muy necesario, se dice "claro, de cajón".)

"El cajón no tiene más de 50 años en su forma actual. Antes sólo acompañaba marineras y festejos; luego, al empezar las grabaciones, lo incorporaron al vals". "Ha habido varios intentos por mejorar el cajón, pero no han tenido arraigo, pues el músico prefiere el cajón normal".